Engang løb floderne frit gennem enhver industriby med respekt for sig selv, som en integreret del af byens infrastruktur. Huse blev bygget langs bredden. Strømmen gav energi til møller og fabrikker. Men som byerne voksede, blev floderne så forurenede, at de blev dødbringende sygdomsbærere af alt lige fra pest til kolera. Løsningen var dengang at begrave floderne under byerne og fusionere dem med kloaksystemerne – hvor de har været glemt, indtil nu! ‘Lost Rivers’ tager os med på et eventyr ned i og gennem klodens indre, og sporer historien om de tabte urbane floder ved at føre os på en rejse guidet af underjordiske ‘urban explorers’. Vi føres ned i undergrundens dunkle dyb i både Toronto, London og New York, og får en indføring i, hvorfor så mange aktivister, byplanlæggere og kunstnere er så optagede af, at genforene os med byens oprindelige livsnerve.