’Mysteriet om menopausen’ er en personlig dokumentarfilm om en livsfase, som halvdelen af verdens befolkning gennemlever, og som vi alligevel ved forbløffende lidt om. Da instruktør Louise Unmack Kjeldsen rammes af søvnløshed, hjernetåge og depression, går det op for hende, at det, hun troede var en privat krise, i virkeligheden er en erfaring delt af kvinder over hele verden. I sin søgen efter svar rejser hun ud for at møde førende forskere inden for hjerneforskning, psykiatri og arbejdsmarked. De undersøger, hvordan hormonelle forandringer påvirker kvinders mentale sundhed, arbejdsliv og skaber risiko for lidelser som depression og demens.